Het Centrum Ecosystemen verricht fundamenteel en toegepast ecologisch onderzoek, geeft academisch onderwijs en adviseert over behoud en herstel van natuur en het duurzaam gebruik van natuurlijke hulpbronnen. Belangrijke onderwerpen zijn biodiversiteit en ecosysteemfuncties, de dynamiek van populaties van bedreigde planten- en diersoorten, de effecten van klimaatverandering en de effectiviteit van Europees en Nederlands natuurbeleid. In het Centrum Ecosystemen werken vier Alterra-teams en vier leerstoelgroepen van Wageningen University nauw met elkaar samen.
Alterra:
Zoetwaterecosystemen
Bosecosystemen
Vegetatie- en Landschapsecologie
Molecular Ecology Ecotoxicology and Wildlife management
Wageningen University:
Natuurbeheer en plantenecologie
Resource ecologie
Bosecologie en bosbeheer
Aquatische ecologie en waterkwaliteitsbeheer