Waterbeheer is het kwantificeren van effecten van inrichting en beheer van water- en landsystemen op de hydrologische cyclus, de waterkwaliteit ten aanzien van zout en nutriënten en de gevolgen voor land- en ruimtegebruik. Aanvullend worden effecten van maatregelen verkend en vindt interdisciplinair toepassingsgericht onderzoek plaats naar de wijze waarop wateropgaven kunnen worden gecombineerd met andere gebiedsontwikkelingen. Alterra focust op Nederland en Noordwest-Europa, maar draagt ook bij aan internationale projecten.
Centraal staat het werkveld ‘Hydrologie en waterkwaliteit’ waarin watersystemen met gekoppelde stofkringlopen en de (transport)processen daarbinnen worden verkend. De interacties tussen water, bodem, atmosfeer en landgebruik zijn essentieel en onze focus ligt in de zone waar deze interacties plaatsvinden. De ruimtelijke schaal loopt van veldonderzoek tot onderzoek in grensoverschrijdende stroomgebieden.